Mehr Sicherheit: Für PDF-Dokumente lässt sich relativ unkompliziert eine Verschlüsselung realisieren, wobei grundlegend zwischen zwei verschiedenen Verschlüsselungsarten gewählt werden kann: Verschlüsselung durch ein Kennwort oder durch die Vergabe von Zertifikaten​

Für den Austausch von besonders sensiblen oder geschäftskritischen Dokumenten empfiehlt sich ein entsprechender Schutz. Dabei reicht die Sicherheit, welche die herkömmlichen Transfermöglichkeiten - wie das Senden per E-Mail oder das Hinterlegen auf einem Server - bieten, nicht aus, um die Dateien effektiv vor dem Zugriff Dritter zu schützen. Weitaus zuverlässiger ist daher die Verschlüsselung auf Dateiebene, etwa mithilfe von Adobe Acrobat Professional.

Die ISO-Norm 24517, auch PDF/E genannt, ist einer der jüngsten Standards im Bereich PDF und wurde im Jahr 2007 verifiziert​

Die Variation des PDF-Formates (ISO-Norm 24517) wurde speziell für technische Dokumente in den Bereichen Engineering und Architektur konzipiert und beinhaltet die Möglichkeit einer interaktiven 3D-Darstellung. Ein verbreiteter Anwendungsbereich sind beispielsweise Konstruktionszeichnungen, die mithilfe von PDF/E einerseits auf Papier gedruckt werden, andererseits aber auch interaktiv auf dem Computer eingesehen werden können. Mithilfe des kostenlosen Adobe Acrobat Readers ist es möglich, sich PDF/E Dokumente anzeigen zu lassen.

[Nach dreijähriger internationaler Zusammenarbeit führender Unternehmen wurde im August 2010 das Format PDF/VT als Standard ISO 16612-2 veröffentlicht.]​

[Die PDF-Variante basiert auf dem PDF-Grafikmodell und ist speziell für die außergewöhnlichen Bedürfnisse des Variablen Datendrucks (V) und des Transaktionsdrucks (T) konzipiert. Erklärtes Ziel der ISO 16612-2 ist es, die Vorteile des PDF-Workflows auch für den Produktionsprozess im variablen Datendruck nutzbar zu machen. PDF/VT dient somit als Austauschformat für grafisch gestaltete Inhalte und vereinfacht den Verarbeitungsprozess für Unternehmen, Anbieter, Grafiker und Druck-Profis. ]